在经济步入“三期叠加”的新常态后，我国经济高质量发展亟待从依靠传统的要素红利、人口红利转向制度红利，需要从顶层设计层面做出中国经济升级版的战略选择。自贸区建设是新形势下我国优化开放布局、更好地融入全球经济的“试验田”，也是加快转变经济发展方式、实现经济高质量发展的重要举措。
    经济高质量发展的内涵丰富，最核心的是经济效率。“全要素生产率（total factor productivity，TFP）是指在各种要素投入水平既定的条件下，所达到的额外生产效率”（蔡昉，2013），是衡量经济高质量发展最重要的指标。在以资源环境为代价的传统粗放型经济增长模式弊端日益凸显的情况下，只有实现经济发展方式由要素驱动型向全要素生产率驱动型转变，才能提高未来经济发展的质量和效益。提高全要素生产率通常有两条途径，一是通过技术进步实现生产效率的提高，二是通过生产要素的重新组合实现配置效率的提高。自贸区作为我国实施创新驱动战略的一项重要的顶层设计，促进全要素生产率增长的理论机制在于：
    1.对内深化改革机制：创新驱动是提高全要素生产率的根本方法，而制度创新是创新驱动的重要内容。长期以来形成的以政府行政审批来管理市场的体制，存在监管效率低下、错位失位缺位等问题，降低了经济运行效率。自贸区的设立，就是要通过先行先试，积极探索与国际接轨的高标准管理体制，以此带动国内改革，进一步促进政府职能转变和完善制度保障，打造良好的营商环境，通过进一步放松管制和提高行政效率，降低交易费用和生产成本，提高生产效率，充分释放制度红利，提高要素配置效率。
    2.对外扩大开放机制：自贸区的设立能够扩大对外开放主要通过促进外商直接投资和提升国际贸易便利化水平实现。一方面，传统外商投资管理采用《外商投资产业指导目录》方式，包含了鼓励、限制和禁止类，但同时也存在一些无法明确规定的灰色领域。而且这些产业是政府通过行政强行选择的，不是市场自由选择的结果，往往会造成资源配置效率的损失。自贸区试行的准入前国民待遇加负面清单管理模式，降低了外商投资的进入壁垒以及消除了灰色领域，这就降低了外商投资的市场交易费用，强化了市场在资源配置中的决定性作用。此外，外商投资本身会带来先进技术和管理，通过外溢效应提升投资地区技术水平和管理效率，进而促进全要素生产率的提高。另一方面，“贸易非效率”像一堵无形的壁垒阻碍着贸易的发展，促进贸易便利化是各个国家关注的重点。自贸区建设的一项基本任务就是推进贸易便利化，例如通过国际贸易通行的“单一窗口”制度，简化海关操作环节，降低企业通关成本，提高生产效率。此外，贸易便利化还可以使企业更加便捷地获得高质量的中间品和技术设备，提高生产的技术水平和产品质量。